一周目阵容的选择直接影响通关效率和游戏体验。该版本特色在于精灵数量扩充至800余种，且神兽分布广泛，但合理搭配属性与技能才能发挥最大战力。初始精灵推荐选择小火龙，其进化形态喷火龙在后期拥有压倒性火系输出，配合MEGA进化可应对多数道馆战。妙蛙种子则是稳健选择，草毒双属性在前期优势明显，但需注意后期输出乏力问题。杰尼龟防御突出但输出节奏较慢，适合偏好持久战的玩家。
队伍构建需遵循属性互补原则，至少包含火、水、电、飞行四种属性以覆盖常见弱点。喷火龙作为核心输出时，建议搭配电系精灵如闪电鸟或雷丘弥补电系短板，闪电鸟可通过无人发电站捕获且自带高特攻。水系推荐乘龙或水箭龟，前者拥有优秀血线与冰系技能，后者防御突出且能学习冲浪等关键技能。飞行系首选比雕或化石翼龙，高速特性可抢占先手优势。幽灵系的玛夏多也是隐藏强力选择，其幽灵拳与吸取拳组合在幽灵塔顶层捕获后能轻松应对后期高等级战斗。
喷火龙必配火焰喷射与飞翔，剩余技能槽建议补充龙爪或地震以应对龙系与岩石系对手。闪电鸟推荐十万伏特+啄钻+光墙组合，既能输出又可辅助团队减伤。乘龙建议学习冲浪、冰冻光束、精神干扰，实现水冰超能三系打击面。辅助型精灵如卡比兽可配备睡觉+梦话+压制，通过高耐久消耗对手。注意技能机使用优先级，如TM24龙息、TM13冰冻光束等关键技能应分配给主力输出。
后期神兽捕捉与阵容优化是通关关键。急冻鸟需在红岛右侧子岛用冲浪抵达，捕获前需备足高级球与状态异常道具。超梦则需在华蓝洞窟深处应对，建议使用恶系或虫系技能压制其超能属性。阵容成型后需针对性调整，例如对抗四大天王时，毒系天王阿桔需配备超能系技能，格斗系希巴则用飞行系速攻。二周目前可将部分神兽纳入队伍，但需注意等级压制可能导致战斗单调性问题。
该版本通关阵容并无绝对标准答案，但遵循属性平衡、技能覆盖、成长潜力三大原则可大幅降低挑战难度。实际搭配时需结合捕获进度与个人操作习惯灵活调整，避免过度依赖单一精灵导致战术僵化。
