神兽系统是少年三国志2中提升战力的重要组成部分，合理使用神兽能显著增强队伍的整体实力。神兽分为不同品质，包括紫、橙、红、金、紫金等，每种神兽拥有独特的技能和触发机制。紫神兽巨猿擅长单点爆发，橙神兽猞猁适合暴击队伍，红神兽机关鸟和机关牛分别针对后排和前排输出，而金神兽如神木青鸾和撼地灵犀则具备更强的群体治疗或控制能力。紫金神兽如天禄貔貅和离火天官则综合了输出、治疗、护盾等多重效果，适用性更广。
神兽的技能触发条件各不相同，需根据阵容特点选择搭配。机关鸟需敌方武将阵亡后触发，适合快速击杀对手的阵容；机关牛则需己方武将阵亡后发动，适合牺牲战术或持久战。治疗型神兽如神木青鸾和天禄貔貅在队伍血量较低时触发，能有效提升生存能力。控制型神兽如撼地灵犀可在回合结束时眩晕敌方，干扰对手输出节奏。理解神兽的触发机制是发挥其作用的关键，需结合队伍的战斗风格灵活调整。
神兽的培养包括升级、升星和装备强化。升级消耗兽魂等资源提升基础属性，升星则通过碎片解锁更高技能效果，例如神木青鸾升星后可附加无敌状态。神兽装备分为兽爪、护符和项圈三类，通过讨伐神兽玩法获取，强化后可进一步提升属性加成。优先培养核心神兽，并根据战斗需求分配资源，例如输出型队伍可优先强化机关鸟或离火天官，而防守型队伍则侧重天禄貔貅或神木青鸾。
蜀国武将多依赖暴击，搭配猞猁可降低敌方抗暴率；吴国擅长灼烧伤害，配合机关鸟或离火天官能强化持续输出；群雄和魏国则可根据需求选择控制或治疗型神兽。神兽与兵符的联动也需注意，例如惊雷裂空兵符能清除敌方增益，与离火天官的灼烧效果形成互补。实战中需根据敌方阵容调整神兽配置，例如面对高爆发队伍时可选用撼地灵犀打断对手节奏。
神兽系统的深度还体现在图鉴激活和秘境玩法中。集齐特定神兽可激活图鉴属性，为全队提供额外加成。神兽秘境是获取培养资源的主要途径，挑战不同难度的守卫可获得碎片、兽魂等奖励。讨伐神兽玩法则需团队协作，伤害排名越高奖励越丰厚。日常任务和限时活动也是补充资源的有效方式，需合理安排参与频率以最大化收益。
