房间合并是优化避难所布局和提升生产效率的核心机制。所有相同类型的生产类房间均可进行三合一合并，包括发电站、餐厅、净水厂、核电站、花园、净水处理器以及核子可乐装瓶室等资源生产房间。合并的前提是三个房间必须相邻且处于同一等级，否则系统不会触发自动合并功能。这种设计使得玩家能够通过集中化管理大幅提升资源产出效率，同时减少操作复杂度。
支援类房间如广播室、雷达室、配件工厂等同样支持三合一合并，但需注意其功能与生产类房间存在本质差异。广播室合并后可扩大影响范围并提升吸引外来幸存者的概率，雷达室合并能增加资源扫描的频率与精度，配件工厂合并则能解锁更高等级的装备制作权限。这类房间的合并虽不直接提升资源产量，但对避难所的长期发展具有战略意义。训练类房间如举重房、敏捷训练室等也适用合并规则，合并后能同时容纳更多居民进行属性训练。
房间合并的操作逻辑遵循严格的相邻原则和类型匹配原则。若三个相同房间未紧邻或中间被电梯、其他类型房间隔断，则无法合并。拆除障碍房间是解决该问题的唯一途径。同类房间数量越多，新建相同房间的成本会显著增加，因此建议优先合并而非分散建造。被岩石阻挡的空间需消耗瓶盖清理后才能用于建造，这要求玩家合理规划初期布局以避免资源浪费。
从建筑学角度分析，三合一合并的本质是将基础房间的产出系数、升级效果与存储容量同步放大至三倍。合并后的房间在遭遇火灾或虫害时，灾害影响范围仍限于单个合并单元，不会波及相邻房间。极速模式的失败概率与合并规模无关，仅取决于居民对应的特殊属性值。这种设定既保留了合并优势，又避免了规模过大带来的风险失控问题。
最终形成的理想布局应遵循两个三合一房间搭配一个双合并房间加电梯的层间结构，该配置能最大化利用每层18格的空间容量。电力类房间建议集中布置在中层区域以平衡资源传输损耗，而训练类房间适合靠近居住区以减少居民移动时间。通过主控室的重构功能可随时调整房间位置，但需注意重构过程不会改变房间原有等级与合并状态。
