通关口袋妖怪火红主线剧情后，玩家可以解锁全国图鉴并开启七岛探索任务。首先需要前往枯叶市码头乘船前往一号岛，与PC屋右侧的博士对话触发寻找红宝石任务。在灯火山洞穴深处击败火焰鸟后获得红宝石，交还博士可升级船票并解锁后续岛屿。这一阶段的核心目标是完成七岛剧情链，包括四号岛的冰洞探险、五号岛的火箭队基地密码破解以及六号岛的蓝宝石获取任务。
完成七岛主线后，玩家可挑战训练师塔这一高难度对战设施，其对手等级和战术强度远超四大天王。同时需注意华蓝市的超梦洞穴将开放，洞穴深处存在70级超梦可供捕捉。若初始选择小火龙，通关后关东地区会随机出现Lv50水君；选择妙蛙种子则出现炎帝；杰尼龟对应雷公。这些传说宝可梦的遭遇机制与主线进度无关，但需要反复在草丛中移动触发。
隐藏要素方面，名人记录仪系统会开放全部隐藏对话，收集特定NPC情报可获得奖励信件。阿斯卡纳遗迹需要推动特定石块解开机关，内部藏有古代宝可梦相关线索。而肚脐岩的探索需通过神秘船票解锁，该道具可通过完成特定支线或游戏内事件获得。部分隐藏区域如彩虹岛需拼图解密才能进入，内部栖息着迪奥西斯等稀有宝可梦。
通关后的培养系统扩展包括四号岛的宝可梦饲育屋，可实现精灵培育与蛋孵化。七岛全域分布着进化石和技能机器，如七号岛的觉醒寺藏有高级进化道具。玩家应系统性地收集隐藏道具，例如通过探宝机定位的隐形物品需要精确站位拾取。最后建议定期检查各城镇的NPC对话变化，部分角色会在二周目提供特殊服务或赠送稀有物品。
