口袋妖怪火红7岛剧情通关后，游戏并未完全结束，玩家仍可解锁多项隐藏内容和挑战。完成七岛主线后，系统会开放精灵训练家大赛（Pokémon Trainer Challenge），玩家可在任意宝可梦中心参与。该模式采用AI模拟其他玩家队伍进行对战，胜利后能获得稀有道具或特殊奖励。部分隐藏BOSS如厄运黑洞守护者、古老神殿首领等需满足特定条件才会出现，击败它们不仅能证明实力，还可获得传说级宝可梦。游戏内多个密室会随剧情推进解锁，这些区域通常需要解谜或完成支线任务才能进入，内部藏有高等级野生宝可梦和珍稀进化石。
完成主线后，玩家可专注于宝可梦培养系统。通过挑战特定野生宝可梦获取努力值，将队伍成员训练至巅峰状态。部分宝可梦如梦幻、代欧奇希斯等仅能在后期特殊场景中出现，需利用游戏内线索和道具进行追踪。图鉴收集方面，除常规宝可梦外，安侬的28种形态、未知图腾的26种字母变体等特殊收集要素需要玩家深入探索变化洞穴等区域。技能机器如精神干扰破坏光线等强力招式也分散在这些隐藏区域中。
通过联机交换可获取版本限定宝可梦，如叶绿版独占的妙蛙种子。对战塔支持玩家上传自定义队伍数据，与全球玩家进行异步对战。游戏内定期触发的事件任务会通过电视广播提示，这些限时活动可能提供异色宝可梦或特殊道具。华蓝洞窟的超梦、遗迹山谷的化石翼龙等传说宝可梦的捕捉条件会随剧情进展变化，建议携带大师球等高阶道具应对。
游戏世界细节在终局阶段呈现更多可能性。部分NPC对话会更新，透露关于火箭队残党的后续情报。地图上新增的可互动元素如枯叶港的废弃船只、红莲研究所的隐藏数据库等，可能触发特殊剧情片段。昼夜系统影响的宝可梦出现率在通关后更为显著，某些区域仅在特定时间段开放。玩家若集齐全部8枚徽章并完成七岛任务，可返回冠军之路挑战强化版四大天王，其队伍等级和战术策略均有显著提升。
游戏机制方面，隐藏的数值系统如亲密度、个体值等对终局内容影响较大。宝可梦的隐藏特性可能在特定条件下觉醒，这需要反复尝试不同战斗环境。道具合成系统虽然未明确提示，但通过组合各类树果和进化石可制作出特殊效果药剂。游戏内文本提示的密码如火箭队仓库密码等，实际对应着隐藏房间的坐标参数，这些设计增加了探索的深度和重复可玩性。
